|
Astronomický snímok dňa 
|
|
|
 |
| |
|
Zobrazujem príspevky 6 až 10 z celkového počtu 36 (strana 2 z 8)
|
caute nasiel som tym co rata rosettu a vola sa Slovakia Projekt Rosetta. nestalo by za to aby sa ich niekto oficialne opytal (napr. slavko) ci sa nechcu k nam pridat? je ich len 6, ale aj to je daco.
|
| |
|
ich oficialna stranka je http://www.boinc.szm.sk/ a tam je mail: [email protected] tak skuste : )
|
|
|
|
|
| |
|
Pokojne sa ich spytaj aj ty, na to nepotrebujes ziadne oficiality..
|
|
|
|
na boincsats som nasiel tým XtremeSystems: na jeho statistikach ma zaujala jedna vec. 3.6.2006 im z celkoveho kreditu bolo odpocitanych 3,375,850 jednotiek. nevie mi neitko povedat co sa mohlo stat? podvadzali alebo nieco? dik
|
|
este jedna otazocka> nevie mi neikto vysvetlit ako a v com sa od seba odlisuju Rosetta a ine programy na simulaciu proteinov ako napr. Predictor?
|
| |
|
tak sorry mne sa len viacej paci rosetta ako predictor
|
|
|
| |
|
Ked som pisal nejake dovody, nemyslel som tym to, aby si mi skopiroval, co napisal Juraj a co som uz cital. Myslel som tym dovody, preco by mali vsetci, ktori rataju Predictora prejst pod Rosettu. Myslim si, ze oba projekty maju vyznam a netvrdil by som, ze Predictor napriek tomu, ze za licencie berie peniaze je projekt, ktory si nezasluzi byt nahodeny na mojom pocitaci (majte na pamati, ze ho prevadzkuje neziskovy treti sektor). Mne naopak vyhovuje, ze projekt nie je narocny na system, nie su s nim problemy a vadne jednotky, problemovi klienti, ktori sa menia kazdy tyzden. Je sice pekne, ze sa ludia od Rosetty snazia vylepsit aplikacie, ale nie kazdemu to vyhovuje. Ja mam rad, ked je projekt stabilny, nepada konektivita a dava mi aj nejake vysledky (ked mi zrata 1/3 jednotiek ako chybnych, ide ma slak trafit). Netvrdim tymn, ze by som si Rosettu nechcel pridat ako dalsi projekt na -gabberattack- team computers, ale nevidim dovod na odpojenie od Predictora.
|
|
|
| |
|
tiez som sa pytal aky je rozdiel medzi nimi a Duro Kotulic to velmi pekne vysvetlil, citujem: "Rosetta aj Predictor maju v podstate totozny ciel - vypocitat aky tvar a teda aj funkciu bude mat protein, a to len na zaklade postupnosti aminokyselin ktore pozname z ludskeho genomu (postupnosti genov). Rozdiely medzi Rosettou a Predictorom: - Rosetta dava svoje vysledky zadarmo k dispozicii sirkovej vedeckej komunite na dalsie vyuzitie. Predictor je prevadzkovany neziskovym sukromnym instituom, ktory vysledky vyuziva na tvorbu softwareu, ktory nasledne predava (cca 20 tisic dolarov za licenciu), a teda sa k nemu dostanu zvacsa len bohate instituty z bohatych statov (USA, Japonsko, UK).
- Rosetta je kvalitnejsi projekt z pohladu vedeckej metody pouzitej na vypocet tvaru proteinov. V sutazi CASP6 bol jej algoritmus vyhlaseny za najkvalitnejsi na svete, lepsi nez algoritmus pouzivany Predictorom.
Rosetta ma flexibilnejsie jednotky, ktore sa casto menia, kedze Rosetta intenzivne pracuje aj na vyvoji co najlepsej aplikacie. Jej jednotky su narocnejsie na hardwarove vybavenie (RAM atd) ako Predictor, a takisto castejsie maju chybu pri vypocte (ovsem treba podotknut, ze aj negativny vysledok je pre zlepsenie aplikacie uzitocny a projektu pomoze)." myslim si, ze tieto dovody stacia na zmenu pohladu na vec
|
|
|
| |
|
Hmmm, navrh je to pekny, ale podpor ho nejakymi dovodmi. Mne predictor vyhovuje zatial - ziadne problemy. :-)
|
|
|
| |
|
taky navrh> co keby vsetci co rataju Predictor presli na Rosettu?
|
|
|
| |
|
Ostatne projekty ak napr. QMC sa zaoberaju inymi aspektami proteinov (napr. kvantovomechanickym vypoctom ich interakcie s inymi molekulami) a preto sa neda vobec povedat, ci su uzitocnejsie alebo menej uzitocne ako Rosetta - kazdy z nich prinasa z vedeckeho pohladu nieco nove pre pokrok. Jediny projekt, ktory sa teda da z vedeckeho hladiska jednoznacne hodnotit ako horsi nez Rosetta, je Predictor.
|
|
|
| |
|
Rosetta aj Predictor maju v podstate totozny ciel - vypocitat aky tvar a teda aj funkciu bude mat protein, a to len na zaklade postupnosti aminokyselin ktore pozname z ludskeho genomu (postupnosti genov). Rozdiely medzi Rosettou a Predictorom: - Rosetta dava svoje vysledky zadarmo k dispozicii sirkovej vedeckej komunite na dalsie vyuzitie. Predictor je prevadzkovany neziskovym sukromnym instituom, ktory vysledky vyuziva na tvorbu softwareu, ktory nasledne predava (cca 20 tisic dolarov za licenciu), a teda sa k nemu dostanu zvacsa len bohate instituty z bohatych statov (USA, Japonsko, UK).
- Rosetta je kvalitnejsi projekt z pohladu vedeckej metody pouzitej na vypocet tvaru proteinov. V sutazi CASP6 bol jej algoritmus vyhlaseny za najkvalitnejsi na svete, lepsi nez algoritmus pouzivany Predictorom.
- Rosetta ma flexibilnejsie jednotky, ktore sa casto menia, kedze Rosetta intenzivne pracuje aj na vyvoji co najlepsej aplikacie. Jej jednotky su narocnejsie na hardwarove vybavenie (RAM atd) ako Predictor, a takisto castejsie maju chybu pri vypocte (ovsem treba podotknut, ze aj negativny vysledok je pre zlepsenie aplikacie uzitocny a projektu pomoze).
|
|
|
|
nevie niekto preco v tabulke Aktualny stav projektov je Rosetta ako Unreachable ked funguje vsetko v pohode? dakujem
|
|
mam otazku: na dvoch kompoch ratam rosettu, ked porovnam dva podobne vysledky (cas ratania a pocet vysledkov) tak na slabsom pocitaci dostanem minimalne 2 az 3 krat mensi kredit ako na rychlejsom kompe. nie ze by mi velmi zalezalo na kredite ale pride mi to nejake divne. ak niekto vie, pls. nech odpovie vopred dakujem
|
| |
|
Na rosette to fuguje trochu inak ako na ostatnych projektoch. Tu si kazdy moze navolit kolko mu ma trvat vypocet jedneho Workunitu a Rosetta bude pocitat tolko modelov, aby tento cas co najpresnejsie dosiahla. Cize na pomalom pocitaci spocita za 3 hodiny povedzme 2 modely a na rychlom ich za 3 hodiny spocita aj 6. Samozrejme ze konkretny pocet zavisi nielen od rychlosti pocitaca, ale aj od toho, ktory protein prave pocita. Pokial sa vsak 2 vypocty lisia iba cislami na konci mena Workunitu, tak ide o ten isty protein a podla spocitanych modelov sa da pekne vidiet, ktory pocitac je aky rychly. Mimochodom pocet spocitanych modelov je vidiet v detailoch Resultu napr:
# This process generated 15 decoys from 15 attempts
znamena, ze spocital 15 modelov toho proteinu, ktory pocital
Kazdy pocitac, aj najpomalsi, vzdy spocita aspon jeden model. Aj keby mu to malo trvat niekolko dni.
|
|
|
| |
|
dakujem za pomoc a za ochotu
|
|
|
| |
|
sry ale link v tomto tvaru ukazuje na pc toho kdo na n?j klikne :( pot?eboval bych linky s ID po?íta??, n?jaké v tomto formátu:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/show_host_detail.php?hostid=231555
S tím že rychlejší dostane více kreditu mám pravdu ur?it?.
http://www.boinc.cz/view.php?cisloclanku=2004082907 (CZ)
když porovnáš jednotky které se ob? po?ítali nap? hodinu tak NEJSOU stejn? dlouhé. ta co se po?ítala na rychlejším po?íta?i by na tom 3x pomalejším trvala 3x tak dlouho.
(pro? bychom si jinak kupovaly rychlé po?íta?e).
Jediná 100% p?esná metoda je spo?ítat stejnou jednotku na obou po?íta?ích.
Oba by za ní m?li požadovat stejn? kredit? CC. tedy ne úpln? stejn? (nedokonalost Benchmarku v boinc core ), ale podobn? (nap? 80 a 110).
|
|
|
| |
|
pouzivam BS, ale na rosettu nemam zapnutu korekciu kreditu link na compy> http://boinc.bakerlab.org/rosetta/hosts_user.php - su to compy tahanko a saya "ked porovnam dva podobne vysledky" - bolo myslene tak ze porovnam dva podobne casy pocitania
a a si budes mat pravdu s tym ze rychlejsia dostane viac kreditu aj tak dakujem za odpoved
|
|
|
| |
|
Problém je obecn? ve zp?sobu p?id?lování kreditu v BOINC (benchmark*?as). A mám pocit že tv?rci BOINC si popletli fci benchmark a random :) U rosetty navíc ned?lá jednotku více komp? takže CC=GC a výsledky se nepr?m?rují.
Takto se to dá ale t?žko ur?it.
Používáš oficiálního klienta nebo n?jakého optimalizovaného-calibrovaného (tx,BS)?
Nemohl byste pls uvést link na dané PC?
Ješt? pls jak p?esn? bylo myšleno "ked porovnam dva podobne vysledky"
Pokut 2 mašiny spo?ítají stejnou WU tak rychlá jí po?ítá hodinu pomalá 3h ale ob? by m?li dostat stejn? +-
To že rychlé pc dostane 3x tolik za hodinu práce je ale normální a dokonce požadovaná vlastnost.
|
|
|
|
|
|
 |
|
